La Facoltà Teologica "San Bonaventura", eretta il 24 gennaio 1905 nel Collegio Serafico internazionale dei Frati Minori Conventuali in Roma, sia per l'origine che per la sua ininterrotta tradizione, si collega direttamente agli antichi Studi generali universitari dell'Ordine, detti poi Collegi.
Fondato nel 1209 da San Francesco di Assisi, l'Ordine dei Frati minori, al quale dal 1250 si aggiunse il nome specifico di Conventuali, fin dai suoi inizi coltivò e promosse per ogni genere di apostolato lo studio delle scienze sacre, dietro l'esempio del Dottore Evangelico Sant'Antonio di Padova e del Dottore Serafico San Bonaventura da Bagnoregio.
Gli studi "accademici" ebbero inizio durante il generalato (1232-1239) di frate Elia d'Assisi, tra l'altro attivo fautore della costruzione della basilica dove nel maggio del 1230 fu traslato il corpo di san Francesco, la cui santità era stata proclamata due anni prima da papa Gregorio IX.
Dunque è in questi anni che si registrò una svolta negli studi, contestualmente all'ingresso nell'Ordine - nel 1236 - del Dottore Irrefragabile Alessandro d'Hales il quale fondò lo Studio generale di Teologia nel Convento di Parigi che, aggregato alla celebre Università, divenne il principale dell'Ordine francescano conventuale (1236-1502).
Proprio in quegli anni venivano aperti altri due Studi generali universitari in Inghilterra: a Oxford e Cambridge, celebri proprio come quello di Parigi per la presenza di illustri maestri tra i quali il Beato Giovanni Duns Scoto, Dottore Sottile e Mariano.
Fin dalla seconda metà del '300 altri Studi generali dell'Ordine, come quelli di Tolosa, Bologna, Padova, Colonia, Firenze, Perugia, Siena, Salamanca, furono incorporati o associati alle Facoltà di teologia delle università pubbliche in fase di costituzione in tutta Europa.
Una intensa proliferazione testimoniata dai numeri: gli otto Studi universitari del 1373 raddoppiano nel 1437, in Italia e Europa, cui si aggiungono molti "Studi Generali" semplici ovvero corsi superiori di teologia o filosofia non universitari e gli "Studi Provinciali" attivi nelle singole giurisdizioni nazionali dell'Ordine.
La difficile situazione politico-sociale che si respirava nei primi decenni del '500, con le devastazioni e le guerre di religione, andò a intaccare la compatta rete scolastica così che gli Studi dell'Ordine, anche per ragioni di carattere economico e di autonomia, si distaccarono in molte città dalle Università pubbliche. L'attività accademica proseguì comunque regolarmente negli Studi Generali dove i migliori Baccellieri potevano sostenere esami con pubbliche dispute, ottenendo così la laurea direttamente dalla Santa Sede.
Un importante momento di svolta si ha il 15 luglio 1561 quando papa Pio IV, con il breve Ut ampliores et uberiores fructus, concede al Ministro generale dell'Ordine la possibilità di conferire ai propri studenti direttamente, per autorità apostolica e in perpetuo, il grado del magistero “in artibus et theologia”, con i medesimi diritti delle Università pubbliche.
Il Collegio “San Bonaventura” - detto anche Pontificio Collegio Sistino o Serafico – venne eretto a Roma nel convento generalizio dei SS. XII Apostoli per volontà di papa Sisto V, al secolo fra Felice Peretti da Montalto appartenente all'Ordine dei Frati minori conventuali, con la costituzione apostolica Ineffabilis divinae Providentiae del 18 dicembre 1587. Un vero e proprio atto di profonda riconoscenza all'Ordine di appartenenza e un omaggio al Dottore Serafico e alla sua dottrina. Lo stesso Sisto V, appena tre mesi dopo la fondazione del Collegio, annoverò San Bonaventura tra i principali Dottori della Chiesa, con lo stesso grado di onore e dignità conferito pochi anni prima da papa Pio V a san Tommaso.
Il Collegio dedicato al Dottore Serafico rimase il centro di formazione più importante, ritenuto dagli storici dell'Ordine la vera continuazione della “Domus Parisiensis” (1236-1502).
Fu qui che si formarono nomi di spicco del panorama religioso e intellettuale, tra i quali i filosofi e teologi Bartolomeo Mastri (1602-1673) e Bonaventura Belluto (1600-1676), il cartografo ed enciclopedista Vincenzo Maria Coronelli (1650-1718), i futuri cardinali Lorenzo Brancati di Lauria (1612-1693), Antonio Franceso Orioli (1778-1852), Antonio Maria Panebianco (1808-1885) e Lorenzo Ganganelli (1705-1774) che nel 1769 salirà al soglio di Pietro con il nome di Clemente XIV.
Nel 1873, a causa delle soppressioni religiose, il Collegio si trovò costretto a interrompere la sua attività accademica anche se, di fatto, questa non venne mai sospesa canonicamente.
La tradizione formativa tramandata nei secoli dall'Ordine dei Frati minori conventuali non poteva arrendersi dinanzi ai provvedimenti di esproprio dei beni ecclesiastici e di soppressione degli istituti che portarono, di fatto, all'interruzione delle attività accademiche. Un decreto speciale, emesso il 4 ottobre del 1873 proprio nella festa di san Francesco, applicava anche al Collegio San Bonaventura gli effetti della legge promulgata il 19 giugno dello stesso anno e che prevedeva espropri per motivi di pubblica utilità. Per effetto di quella legge, dopo alcuni mesi, vennero occupati dal Governo i locali del Collegio con quasi tutto il convento dei Santi Apostoli. Nonostante gli eventi, il Collegio non fu mai canonicamente soppresso e l'ultimo suo reggente effettivo p. Luigi Avella, consultore del Sant'Uffizio, nominato appena un mese prima della promulgazione della legge, mantenne quindi titolo e attribuzioni sino alla morte avvenuta nel 1913. Nel 1948 la Santa Sede provvide poi a riordinare la materia, autorizzando la nomina di un nuovo reggente nella persona del preside della Facoltà. Dunque, dopo i pesanti e restrittivi provvedimenti (basti pensare che l'occupazione dei locali dei Santi Apostoli proseguì oltre il Concordato del 1929), la ripresa accademica avvenne grazie alla decisione dei superiori dell'Ordine di fondare il nuovo Collegio Serafico internazionale che, dalla sede provvisoria di via san Nicola da Tolentino, passò nel 1894 in quella di via san Teodoro, nella zona del Palatino.
Fu questo il segnale chiaro della ripresa delle attività accademica e scientifica cui seguì un altro importante provvedimento: il 24 gennaio del 1905, su richiesta del Ministro generale dell'Ordine fra Domenico Reuter, papa Pio X con rescritto della Congregazione dei Vescovi e dei Regolari (all'epoca competente in materia di studi) annetteva al Collegio la Facoltà Teologica, con diritto di conferire la laurea in Sacra teologia agli alunni dell'Ordine.
La “Facultas Teologica Collegii Seraphici Internationalis OFMConv. in Urbe”, mantenne i propri programmi dei corsi: quadriennio teologico con quattro-cinque lezioni quotidiane, dispute settimanali e annuali, esami finali sulle varie discipline.
Un'ulteriore crescita avvenne con la decisione della Sacra Congregazione di consentire alla Facoltà anche l'attribuzione dei gradi accademici minori di Baccellierato e di Licenza, equiparandola così pienamente alle altre Facoltà teologiche ecclesiastiche.
La qualificazione degli studi trovò un nuovo impulso nell'introduzione di una norma, fortemente voluta dal Ministro generale fra Alfonso Orlini (alla guida dell'Ordine dal 1924 al 1930) per l'obbligo della dissertazione dottorale da difendersi pubblicamente prima dei tre esami orali di laurea.
Ulteriori novità furono introdotte con l'introduzione di nuove discipline e di esercitazioni pratiche mentre, proprio in quegli anni, si registrò un notevole sviluppo della biblioteca e divenne strumento ufficiale della Facoltà Miscellanea Francescana, la più antica rivista di studi francescani, a carattere scientifico, a livello nazionale e internazionale.
Il cammino della Facoltà verso la progressiva qualificazione accademica proseguiva inesorabilmente, di anno in anno, così da rispondere appieno - con i propri statuti – alla Costituzione apostolica di Pio XI Deus scientiarum dominus del 1931.
É l'anno 1935 a rappresentare un momento altamente significativo per la Facoltà: la Sacra Congregazione dei seminari e delle università degli studi promulga un decreto con il quale, oltre ad approvare in via definitiva i nuovi statuti della Facoltà, le attribuiva anche il titolo di “Pontificia”.
Nel panorama accademico romano spiccava, adesso anche formalmente grazie al riconoscimento della Santa Sede, la “Pontificia Facultas Theologica Fratrum Minorum Conventualium in Urbe”.
Un passaggio decisamente significativo che avvenne in un giorno non a caso: il 13 giugno, festa di sant'Antonio, il primo Maestro di teologia dell'Ordine e futuro Dottore evangelico.
A questo riconoscimento seguì un ulteriore potenziamento della Facoltà, sia dal punto di vista delle autorità preposte a sovrintendere sia sotto il profilo accademico.
Gli Statuta Pontificiae Facultatis Theologicae Fratrum Minorum Conventualium, pubblicati nello stesso anno, consentivano al Ministro generale fra Beda Hess di divenire Gran Cancelliere della Facoltà, al pro-preside di rivestire il ruolo di preside (con nomina della Sacra Congregazione), al pro segretario di assumere l'incarico di segretario.
I corsi mantennero la durata dei cinque anni, con vecchie e nuove discipline, lo stesso gli esami sempre a cadenza semestrale e finali, con esami di grado che i nuovi statuti avevano regolato, fissando ad esempio per la licenza un esame “de universa sacra Theologia”, per la laurea una “lectio magistralis” e la “difesa” della dissertazione dottorale.
Un altro passo verso l'attuale assetto fu l'attribuzione del nome di san Bonaventura: la Congregazione, con decreto del 13 gennaio 1955, attribuì alla Facoltà il nome distintivo del suo patrono.
Dunque la Pontificia Facoltà Teologica “San Bonaventura”, forte della sua lunga storia affrontata anche in periodi difficili con la forza della fede e sotto la guida di autorevoli maestri, proseguiva la sua attività, offrendo una tradizione accademica maturata nei secoli da autorevoli studiosi dell'Ordine. Un bagaglio di cultura che ha avuto un'ulteriore estensione nel 1973, mediante i nuovi statuti conformati alle norme post conciliari della Sacra Congregazione per l'educazione cattolica: è da quella data, infatti, che i percorsi di studio sono accessibili non solo agli appartenenti all'Ordine bensì anche agli studenti esterni, siano essi ecclesiastici o laici.
La Facoltà si è così consolidata come un importante punto di riferimento in cui tradizione e sguardo sull'oggi propongono percorsi qualificati, in un ambiente immerso nel verde dell'Eur.
Risale infatti all'11 ottobre del 1964 l’inaugurazione della nuova sede della Facoltà e del Collegio internazionale Seraphicum, a due passi dalle Tre fontane conosciuto come luogo del martirio di san Paolo.